Após resolver o conflito com a Imperatriz Pirata e Shichibukai Boa Hancock em Amazon Lily, Luffy descobre que seu irmão, Portgas D. Ace, está detido na Grande Prisão Submarina de Impel Down!! Determinado a salvá-lo, Luffy faz a difícil escolha de deixar seus companheiros em segundo plano e enfrentar a Marinha no meio de uma iminente guerra que promete abalar a Grande Era dos Piratas!!