Nesta obra, como em todas as outras, Locke anuncia e prepara o grande movimento do Iluminismo, que culminará com Voltaire. Locke distingue primeiramente as três ordens da força, da razão e da fé. Em seguida, afirma que todos os homens pertencem a duas sociedades: a civil e a religiosa. O problema da intolerância resulta da confusão entre estes dois domínios: a sua confusão é prejudicial quer à saúde do corpo social como à busca da saúde individual. Cabe à força política impedir que interfiram, sem se preocupar com a saúde das almas nem da fé, sobre as quais o governo não tem qualquer direito. O poder do estado não saberia efetivamente estender-se além dos interesses temporais da sociedade; está aqui um princípio cardinal da filosofia liberal, da qual Locke pode ser considerado fundador. Quanto às Igrejas, são instituições privadas, que não afetam em nada a coletividade. O Estado não pode intervir no seu funcionamento ou regulamentar os cultos a não ser que estes se revelem atentatórios do direito das pessoas ou do bom caminho da sociedade. É o princípio da laicidade do estado que é aqui colocado, com uma nitidez sem precedentes. Em nome deste princípio, Locke reclama a igualdade de direitos para todos os cultos, sem diferença.